Фамилия Зулкарнаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Зулкарнаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Зулкарнаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Зулкарнаев восходит к арабскому мужскому имени Зулькарнай, которое в переводе на русский язык означает «двурогий». Вероятно, нарекая ребенка таким именем, родители желали, чтобы их сын рос смелым, мужественным и сильным. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Зулкарнаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Зулкарнаев можно лишь на основании генеалогических исследований. Тем не менее, фамилия Зулкарнаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.