Фамилия Зунникова — женская форма фамилии Зунников, и её происхождение стоит искать не в очевидном «зуне» или «зунне», а в диалектных прозвищах, которые зафиксированы в северных и уральских говорах. Суффикс -ов- указывает на типичную модель образования от прозвища или имени на твёрдую согласную, а ударение, скорее всего, падает на первый слог: Зу́нников.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «зун» — так в архангельских, вятских и пермских говорах называли болотную кочку, поросшую мхом, или топкое место. Прозвище Зунник могли дать человеку, жившему у болота, на сырой низине, либо тому, кто ходил по таким местам — охотнику, сборщику ягод или клюквы. В ономастических исследованиях В. А. Никонова и словаре русских говоров встречаются производные от «зун»: «зункий» (топкий, вязкий) и «зунить» (ныть, жаловаться). Вторая версия, менее распространённая, выводит прозвище из глагола «зунить» — то есть нытик, брюзга, человек, который постоянно жалуется. Но для фамилии Зунников топонимическая основа выглядит правдоподобнее: такие прозвища часто закреплялись за целыми семьями в деревнях, стоявших на болотистых землях.

Географически фамилия Зунников встречается редко, её следы ведут в Кировскую область, Пермский край и Удмуртию — регионы, где слово «зун» было в ходу. В документах XIX века, например, в ревизских сказках Вятской губернии, можно найти крестьян с этой фамилией, но массового распространения она не получила. Редкость фамилии объясняется узкой диалектной основой и тем, что прозвище не перешло в общерусский язык.

Что важно: фамилия Зунникова не имеет отношения к немецкому «Zunft» (цех) или к фамилии Зунделович — это чисто русская, локальная фамилия, образованная от слова, которое сейчас почти вышло из употребления. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, жившими на севере Европейской России, и прозвище их рода отражало не профессию, а природные условия места, где стояла их деревня.