Фамилия Зуников — редкий пример, где суффикс -ик- в основе не указывает на отчество, а почти наверняка прячет за собой прозвище. В русских фамилиях на -ов/-ев суффикс -ик- обычно выступает как уменьшительный (ср. Голиков, Новиков), но в случае Зуникова корень уводит в сторону диалектов и старой лексики.

Самая вероятная версия: основа «зун» — из северных и сибирских говоров, где «зун» значило «насмешник», «пересмешник», а также «ворчун» или «брюзга». Глагол «зунить» — ворчать, брюзжать, докучать. Таким образом, Зуник — это человек с характером: либо тот, кто любит подкалывать и острить, либо, наоборот, вечно недовольный и придирчивый. Суффикс -ик придаёт прозвищу оттенок постоянного свойства: Зуник — «тот, кто зунит».

Менее убедительная, но возможная версия: связь с тюркским «зун» (плохой, дурной) или с арабским именем Зунун (через татарскую или башкирскую среду). Однако фонетика фамилии и её распространение (преимущественно в русских северных и уральских областях) говорят в пользу славянского диалектного корня. Фамилия могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей — прозвища по характеру давали в любом сословии, но в дворянской среде они почти не закрепились.

Однокоренные фамилии — Зунин, Зунов, Зунихин — все они от той же основы «зун». Но Зуников стоит особняком: модель «прозвище на -ик + -ов» встречается реже, чем прямое «Зунин» (от Зуня). Это делает фамилию более локальной и, возможно, более поздней по времени оформления. Географически фамилия встречается в Вологодской, Архангельской областях и на Урале — как раз в зоне бытования северных говоров.

Поскольку фамилия редкая, известных носителей в открытых источниках почти нет. Это не минус, а особенность: Зуниковы — пример фамилии, которая сохранила в себе живое диалектное слово, почти исчезнувшее из современной речи.