Фамилия Зунников — редкая и неочевидная с точки зрения корня. Основная версия, которую поддерживают ономасты, отталкивается от прозвища или диалектного слова «зунник». В русских говорах, особенно на севере и Урале, «зунить» означало «ныть, жаловаться, плакаться». Соответственно, Зунником могли прозвать капризного, вечно недовольного человека или, наоборот, того, кто постоянно кого-то упрекал. Суффикс -ник в основе указывает на деятеля: это не просто качество, а человек, склонный к такому поведению. Фамилия образовалась по стандартной модели: Зунник + -ов, то есть «сын Зунника».

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с гидронимом — названием речки или ручья Зунник. Такие названия встречаются в бассейне Камы и Вятки. В этом случае прозвище давали по месту жительства: «живущий у реки Зунник». Однако для фамилии, оканчивающейся на -ов, эта версия слабее: обычно топонимические фамилии закрепляются в форме Зунниковский или Зунников, если исходное название уже было в форме притяжательного прилагательного.

Обратите внимание на суффикс -ик в основе. В русской антропонимии он часто придаёт прозвищу уменьшительно-пренебрежительный оттенок, как в фамилиях Пьяников, Гуляников. Это косвенно подтверждает первую версию: прозвище Зунник могло быть не столько описательным, сколько насмешливым.

Фамилия географически тяготеет к Вятской губернии и Пермскому краю. В метрических книгах XIX века Зунниковы фиксируются среди государственных крестьян, то есть лично свободных, но приписанных к казённой земле. Сословной элиты среди носителей не было, фамилия оставалась сугубо крестьянской, что типично для прозвищ, образованных от бытовых черт характера.

Споров о происхождении почти нет — альтернативные гипотезы (например, от тюркского «зун» — «темнота» или от немецкого Sonne) лингвистически несостоятельны, так как не объясняют ни суффикса -ник, ни типично русского окончания -ов.