Фамилия Зуннунов — тюркская по происхождению, и её корень уходит в арабский язык через исламскую культуру. В основе лежит арабское имя Зуннун (Zunnun), которое означает «обладатель рыбы» или «владыка рыбы». Это прозвище-эпитет, данное библейско-кораническому пророку Ионе (Юнусу), который, согласно преданию, был проглочен китом и спасся молитвой. Таким образом, Зуннун — не просто имя, а почтительное указание на известную историю из Священного Писания.

Модель образования фамилии проста и типична для многих народов, принявших ислам: к личному имени Зуннун добавлен русский патронимический суффикс -ов. Это произошло в XIX–XX веках, когда представители тюркских народов (особенно узбеки, татары, башкиры, казахи) попадали под административное влияние Российской империи и получали фамилии по отцу по русскому образцу. Зуннунов значит «сын Зуннуна» или «из рода Зуннуна».

Само имя Зуннун в тюркской среде не было редкостью, но и не было массовым, поэтому фамилия Зуннунов встречается нечасто. Географически она чаще всего привязана к регионам Средней Азии, особенно к Узбекистану, а также к Татарстану и Башкортостану. В русских метрических книгах и переписях XIX века её можно встретить среди татарских купцов и духовенства, но в основном она бытовала среди крестьян и ремесленников.

Есть одна деталь, которая отличает эту фамилию от многих других с арабскими корнями: двойная «н» в середине. В исходном арабском написании имени Зуннун действительно присутствует удвоенная «нун» (буква «н»), но при переходе в русский язык это удвоение часто терялось — встречаются варианты Зунунов. Фамилия Зуннунов сохраняет более точное, близкое к оригиналу произношение, что может указывать на грамотность или религиозную осведомлённость первых носителей. Споров о происхождении здесь почти нет — версия с пророком Юнусом единственная и общепринятая среди ономастов, работающих с тюркскими фамилиями.