Фамилия Зунунов — одна из тех, где сразу ясна модель образования, но спорен корень. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую форму: Зунун — личное имя или прозвище, а Зунунов — «сын Зунуна». Вопрос в том, откуда взялось само слово «Зунун».

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках (особенно в башкирском, татарском, казахском) есть имя Зунун или Зунунбай. Оно восходит к арабскому «зуннун» — «обладатель рыбы» или «владыка кита». В исламской традиции это прозвище пророка Юнуса (библейского Ионы), которого проглотил кит. Имя Зунун как личное имя встречается у мусульманских народов России, и от него по обычной русской модели — через суффикс принадлежности — образовали фамилию Зунунов.

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с диалектным русским словом «зун» или «зуня» — так в некоторых говорах называли неряху или плаксу. Но суффикс -ун (Зунун) в русском языке образует имена деятеля (бегун, говорун), а не прозвища от глагола «зунить» — такого глагола в литературном языке нет, а диалектное употребление крайне локально. Тюркская версия выглядит гораздо весомее.

Географически фамилия Зунунов распространена в Башкортостане, Татарстане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — именно в тех регионах, где веками живут тюркоязычные народы. Это косвенно подтверждает её происхождение от мусульманского имени.

Таким образом, предки носителя фамилии Зунунов, скорее всего, были тюрками по языку и мусульманами по вере. Фамилию им дали по имени отца или деда, которого звали Зунун — в честь пророка, пережившего чудо в чреве кита.