Фамилия Зунунова — женская форма мужской фамилии Зунунов, и её разбор стоит начать с самого необычного элемента: основы «Зунун-». В русских фамилиях такой корень встречается крайне редко, и это сразу указывает на нерусское, скорее всего тюркское происхождение. Скорее всего, в основе лежит арабское имя Зунун (или Зу-н-Нун), которое в исламской традиции связано с пророком Юнусом (библейским Ионой): «Зу-н-Нун» переводится как «обладатель рыбы» или «владыка кита». Это прозвище-эпитет, данное Юнусу за то, что он был проглочен китом. Таким образом, имя Зунун — это не просто имя, а религиозно окрашенное прозвание, которое могло стать личным именем у народов, принявших ислам.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов/-ев, который присоединился к тюркской основе. В русском языке суффикс -ов указывает на принадлежность: «Зунунов» буквально значит «сын Зунуна» или «из рода Зунуна». Такая модель характерна для фамилий, которые формировались у народов, входивших в состав Российской империи, особенно в Поволжье, на Урале, в Сибири и на Северном Кавказе. Носители фамилии Зунунова, вероятно, имеют корни среди татар, башкир, казахов или других тюркоязычных групп, где имя Зунун было известно.

Интересна и морфология: окончание -а в женской форме (Зунунова) — это чисто русское грамматическое явление, которое закрепилось в документах при русификации. Мужская форма Зунунов могла писаться и как Зунун улы (с тюркским патронимическим суффиксом), но в официальных записях, особенно после ревизий XVIII–XIX веков, её привели к стандартному русскому виду. Поэтому фамилия — яркий пример культурного и языкового синтеза: арабское религиозное имя, тюркская среда бытования и русская паспортная форма.

Встречаемость фамилии низкая, она не входит в число распространённых. Если сравнивать с однокоренными, то можно вспомнить фамилию Юнусов (от той же основы Юнус), но Зунунов стоит особняком — это более редкий вариант, сохранивший полную форму эпитета. Предки носительницы фамилии, скорее всего, были людьми, получившими имя Зунун при рождении в мусульманской семье, а при переходе на русскую фамильную систему (в основном после отмены крепостного права или в советское время) записали его как фамилию. Никаких сведений о дворянском или крестьянском сословии именно для этой фамилии нет, но по модели образования она типична для простонародной среды.