Фамилия Зускин с большой вероятностью имеет не славянское, а еврейское происхождение. Её основа — мужское личное имя Зуск или его вариант Зуся. В ашкеназской традиции Зуся — это уменьшительная форма библейского имени Иегошуа (Иисус Навин) или, реже, имени Йосеф. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Зуски» или «из семьи Зуски». Такая модель типична для еврейских фамилий, образованных на территории Российской империи, где к именам и прозвищам добавляли русские патронимические окончания.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища Зусь. В некоторых русских говорах «зусь» или «зуска» могло означать резкого, бойкого человека, но эта гипотеза слабо подкреплена данными: фамилия почти не встречается в исконно русских регионах и не фиксируется в исторических документах как крестьянская или дворянская.

Географически фамилия Зускин тяготеет к западным губерниям бывшей черты оседлости — Украине, Белоруссии, а также к Литве и Польше. После революции носители фамилии часто мигрировали в крупные города, особенно в Москву и Санкт-Петербург. Самый известный носитель — актёр и режиссёр Соломон Михайлович Зускин (1890–1943), ведущий актёр Московского государственного еврейского театра (ГОСЕТ), что косвенно подтверждает культурную и этническую среду, в которой фамилия сформировалась.

В написании фамилии возможны варианты — Зускин и Зуськин, но первый закрепился как основной в официальных документах. Ударение, как правило, падает на первый слог: Зу́скин.