Фамилия Зыбайло — редкий пример, где конечный суффикс -айло не уменьшительный и не ласкательный, а указывает на деятеля. В русских фамилиях суффикс -айло встречается нечасто и обычно закреплялся за прозвищами по действию: «кричать» — Кричайло, «махать» — Махайло. Зыбайло — из того же ряда.

Основа фамилии — глагол «зыбать», который в диалектах означал «качать, колебать, шатать». В словаре Владимира Даля «зыбать» — это «колыхать, покачивать», отсюда же «зыбка» (колыбель) и «зыбь» (рябь на воде). Человек с прозвищем Зыбайло — тот, кто качает, раскачивает. Но в народной речи это слово часто имело переносный смысл: «зыбать» могли сказать о человеке медлительном, нерешительном или, наоборот, о том, кто постоянно суетится, «качается» из стороны в сторону.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и белорусским землям. Суффикс -айло особенно характерен для белорусской ономастики — там он активно образовывал прозвища от глаголов. В России такие фамилии встречаются реже и часто указывают на переселенцев с запада. Встречаются варианты Зыбайлов — с адаптацией под стандартную русскую модель на -ов.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская. В среде духовенства или дворянства такие «глагольные» прозвища почти не встречались — они были слишком бытовыми и прямыми. Носитель прозвища Зыбайло мог быть качальщиком (например, на солеварнях или в кузнечном деле), но чаще так называли за характер или поведение — медлительного или суетливого человека.

Фамилия не получила широкого распространения и не стала известной. В современной России её носители встречаются единично, преимущественно в Брянской, Смоленской и Псковской областях — то есть в зоне исторического контакта русских и белорусских говоров. По написанию фамилия устойчива: ударение обычно падает на последний слог — Зыбайло́, что тоже характерно для белорусской модели произношения.