Фамилия Зыбен — редкий случай, когда суффикс не даёт подсказки о происхождении. В ней нет типичных русских окончаний -ов, -ин или -ский. Такая форма характерна для украинских, белорусских и польских фамилий, образованных от прозвищ без дополнительных суффиксов. Носитель фамилии Зыбен, скорее всего, потомок выходца из западнорусских земель, где подобные «голые» основы — обычное дело.

Корень здесь — «зыбь» или «зыбать». В диалектах «зыбать» означало качать, колебать, трясти. Прозвище Зыба могли дать человеку с неуверенной походкой, тому, кто «зыблется» при ходьбе, или, напротив, очень подвижному, непоседливому. В некоторых говорах «зыба» — это колыбель, люлька, которую подвешивали к потолку и качали. Тогда прозвище могло относиться к тому, кто делал такие колыбели, или к младенцу, который постоянно в ней лежал.

Встречается и другая версия: связь с глаголом «зыбить» — издавать глухой, дрожащий звук. Так могли прозвать человека с низким, вибрирующим голосом. Но это менее вероятно, поскольку первичное значение «качать» в народной речи было гораздо распространённее.

Фамилия Зыбен не имеет отношения к сословной принадлежности: её могли получить и крестьяне, и мещане. В современных адресных книгах она встречается крайне редко, в основном на западе России, в Беларуси и на Украине. Из-за своей необычной формы она не склоняется в мужском роде: Иван Зыбен, к Ивану Зыбен. Женский вариант — Зыбен (также не склоняется) или, по правилам русского языка, Зыбена, но в документах обычно оставляют исходную форму.