Фамилия Зыбенская — вариант женского рода от Зыбенский. Перед нами типичная «географическая» фамилия, образованная по модели «название места + суффикс -ск-». Такие фамилии в массе своей принадлежали дворянам, получившим их по названию родового имения, или духовенству, которому нередко давали искусственные фамилии по названиям сел и монастырей.

Основа «Зыбен-» почти наверняка восходит к топониму: село, деревня или урочище Зыбенка, Зыбень, Зыбино. В русском языке слово «зыбь» означает легкое волнение на воде, а «зыбкий» — шаткий, неустойчивый. Названия с корнем «зыб-» часто давали болотистым, топким местам, где земля «ходит под ногами». В бассейне Оки и Днепра встречаются речки и овраги с названием Зыбенка, Зыбелка. В Тверской и Смоленской областях есть деревни Зыбино. Логично предположить, что предок носителя фамилии владел землей или служил в селе с таким «зыбким» названием.

Реже встречается версия, что фамилия могла произойти от прозвища Зыба (зыбать — качать, колебать). Но тогда мы бы ожидали форму Зыбин или Зыбов, а не Зыбенский. Суффикс -енск- указывает именно на прилагательное от географического названия на -ен- (Зыбень → Зыбенский). Это типичная модель для фамилий польского и западнорусского дворянства, а также для духовенства XIX века, когда семинаристам давали фамилии по названиям приходов.

С географией бытования все неоднозначно. Фамилия редкая. В дореволюционных источниках Зыбенские встречаются среди мещан и купцов западных губерний (Могилевская, Витебская) и в Петербурге. Это косвенно подтверждает связь с белорусскими или смоленскими землями, где топонимы на «зыбь» особенно часты. Сегодня Зыбенские живут в основном в России и на Украине, но нигде не образуют заметных гнезд.

Таким образом, фамилия Зыбенская — это «человек из Зыбени». Её носитель, скорее всего, потомок либо мелкопоместного дворянина, владевшего имением на болотистой речке, либо священника из села с неблагозвучным, но метким названием.