Фамилия Зыбкин — редкий пример того, как за основу фамилии взяли не имя и не профессию в привычном смысле, а конкретный предмет с узкой географией. Всё дело в прозвище Зыбка, которое легло в основу фамилии. В приаргуньском крае Сибири «зыбкой» называли рыболовную снасть: четырёхугольную раму с натянутой сетью, которую привешивали к тонкому концу длинной жерди. Жердь балансировала на подставке, а снасть с приманкой (хлебом или зерном) с помощью камня погружалась в воду. Чтобы проверить улов, надавливали на толстый конец жерди, поднимали зыбку, при необходимости добавляли приманку и опускали снова. Прозвище Зыбка, скорее всего, закрепилось за человеком, который либо сам рыбачил такой снастью, либо торговал ею.

Есть и другая версия: «зыбка» в говорах означает «колыбель, люлька». Тогда прозвище могли дать многодетному отцу, в доме которого всегда качали младенцев, или мастеру, делавшему люльки на заказ. Обе версии правдоподобны, но рыболовная — более конкретная и привязана к узкому региону, что делает её убедительнее.

Суффикс -ин указывает на типичную модель русских фамилий: «чей?» — Зыбкин, то есть сын или потомок Зыбки. Фамилия редкая, в документах встречается спорадически, и её носители, вероятно, сохраняют связь с сибирскими корнями.