Фамилия Зыбковец напрямую указывает на географическое происхождение своего первого носителя. В основе фамилии лежит прозвище, которое давали уроженцу села Зыбково. Это село существует и сегодня — оно расположено в Онуфриевском районе Кировоградской области Украины. Таким образом, родоначальник Зыбковцев, скорее всего, либо родился в этом населённом пункте, либо долгое время там жил, а затем переселился и получил прозвище по месту прежнего жительства.

Модель образования фамилии — типичная для восточнославянской ономастики. Суффикс -ец в данном случае выполняет функцию указания на принадлежность к определённой местности («зыбковец» — житель Зыбкова). Такая словообразовательная схема широко распространена: аналогично появились фамилии Ростовцев, Тверитинов, Москвичёв и десятки других, только в основе у них — названия городов, а не сёл.

Сам топоним Зыбково имеет прозрачную внутреннюю форму. Он образован от нарицательного «зыбун» — так в русских говорах называли трясину, топкую, зыбкую почву на болоте. Вероятно, село получило своё имя из-за особенностей ландшафта: его основали на нестойком, влажном грунте. Слово «зыбун» родственно глаголу «зыбиться» — колебаться, колыхаться.

В отличие от многих фамилий, которые могли возникнуть в разных регионах независимо друг от друга, Зыбковец имеет чёткую территориальную привязку. Это не отчество и не прозвище по профессии или внешности, а именно «топонимическая» фамилия, указывающая на конкретное место. Поэтому для человека, носящего эту фамилию, поиск корней имеет вполне определённый ориентир — Кировоградская область Украины, где до сих пор существует село, давшее фамилии имя.