Фамилия Зыляев — редкий пример того, как за основу родового имени взяли не личную черту или профессию, а природный объект. Прозвище Зыляй, от которого образована фамилия, происходит от диалектного слова «зыля». В вологодских говорах так называли солончак или ржавое болото — топкое, непригодное для земледелия место. Значит, первый носитель прозвища Зыляй жил либо у такого болота, либо получил имя по названию урочища, где стояла его деревня.

Модель образования фамилии типична для русского севера: прозвище на -ай (Зыляй) + типичный патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность: «чей?» — Зыляев. Могли писать и через «о» — Зыляёв, но в документах закрепился вариант с «е», как в большинстве фамилий на -ай.

Интересно, что слово «зыля» встречается только в северных говорах, за пределами Вологодчины почти не известно. Это сразу сужает географию фамилии: корни Зыляевых, скорее всего, лежат в Вологодской или соседних областях (Архангельская, Кировская). В центральных и южных регионах России фамилия почти не встречается.

Другие возможные объяснения уступают в убедительности. Иногда «зыля» связывают с глаголом «зы́бить» (колебать, качать), но это даёт значение «зыбун, трясина» — по сути, то же болото, только с другим оттенком. Версия о происхождении от личного имени Зыла (краткая форма от Зыслав?) не подкреплена источниками и выглядит натянутой.

Фамилия сохранила не только память о предке, но и диалектное слово, которое в современном языке почти исчезло. В этом её ценность как лингвистического памятника. Точную дату возникновения фамилии назвать сложно: процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных имён на Русском Севере шёл с XV по XVII век, но окончательно ответ дают только генеалогические изыскания по конкретному роду.