Фамилия Зыскунова — женская форма от Зыскунов, и её разговорный, почти диалектный облик сразу выдаёт носителя: в основе лежит не литературное слово, а живое, местное прозвище. Модель образования простая: суффикс -ов (в женском варианте -ова) присоединился к основе «зыскун». Если бы фамилия была образована от церковного или книжного слова, мы бы скорее увидели форму «Изысканова» или «Сыскунова», но здесь — «Зыскунова», с характерным для народной речи начальным «з» вместо «из-».

Корень тот же, что в глаголах «зыскать» и «изыскать» — то есть искать, разыскивать, дознаваться. В русских говорах «зыскун» — это человек, который любит всё разузнать, выведать, докопаться до сути. В XIX веке так могли назвать и любопытного соседа, и сыщика, и даже придирчивого ревизора, проверяющего документы. В отличие от фамилий на -щик (например, Сыщиков), суффикс -ун придаёт прозвищу оттенок постоянного свойства: не просто тот, кто ищет, а тот, кто ищет постоянно, по привычке.

Географически фамилия редкая и, скорее всего, локальная. В дореволюционных переписях и современных телефонных справочниках Зыскуновы встречаются в основном в центральных и северных регионах России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях. Это зона, где сохранились архаичные формы глаголов и где «зыскать» звучало обычно, а не как ошибка.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Зыков (от «зыкать», кричать) или Зырянов (от названия народа), — то Зыскунова стоит особняком: она не от имени, не от профессии в прямом смысле, а от бытовой характеристики человека. Предок, получивший это прозвище, скорее всего, слыл в деревне дотошным и настойчивым — не обязательно сыщиком по службе, а просто тем, кто «зыщет правду» или «зыщет пропажу».