Фамилия Зыскунов — редкий пример, когда основа уводит нас не в великорусские говоры, а в белорусскую лексику. В её центре — прозвище Зыскун, а оно, в свою очередь, связано с белорусским словом «зыск» (прибыль, выгода, польза). Человек, получивший такое прозвище, явно умел извлекать выгоду — не обязательно хитростью, чаще усердием. Скорее всего, перед нами удачливый торговец или рачительный хозяин, который делал всё, чтобы семья жила в достатке.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ун- в восточнославянских фамилиях часто указывает на деятеля, носителя характерного признака (ср. Болтун, Молчун). Здесь Зыскун — «тот, кто добывает зыск». Фамилию закрепили в стандартной патронимической форме на -ов: Зыскунов буквально означает «сын Зыскуна».

Интересно, что в русском языке однокоренное слово «зыскать» (искать, добиваться) почти вышло из употребления, сохранившись в основном в диалектах и юридических оборотах вроде «взыскать». В белорусском же «зыск» остался живым понятием. Это делает фамилию Зыскунов своеобразным маркером: её носители, вероятно, имеют корни в западных регионах исторической Руси — на территории современной Беларуси или в прилегающих областях Смоленщины и Брянщины, где белорусское влияние в лексике было сильным.

Других версий происхождения, например, от тюркских или финно-угорских корней, для этой фамилии нет — основа слишком прозрачна и однозначно славянская. Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским: прозвища такого типа редко встречались в среде дворянства, которое предпочитало фамилии от имён или географических названий.