Фамилия Зыскин — один из тех случаев, когда за привычным русским суффиксом -ин скрывается неочевидная основа. Если бы фамилия происходила от имени или прозвища, оканчивающегося на -а или -я, всё было бы просто: Зыска — и пошёл Зыскин. Но такого имени в святцах нет, а в бытовой антропонимии оно не встречается. Значит, корень глубже.

Скорее всего, в основе лежит древнерусское слово «зыскъ» — то есть «сыск, розыск, поиск». В старину «зыскать» означало «искать, разыскивать, доискиваться». Отсюда и прозвище Зыска — так могли назвать дотошного человека, сыщика, либо того, кто постоянно что-то выискивал, допытывался. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Зыскин, то есть сын или потомок Зыски. Модель образования типична для северных и центральных русских говоров, где фамилии на -ин особенно распространены.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с диалектным «зысь» — так в некоторых областях называли свет, блеск, отражение. Тогда Зыска могло быть прозвищем человека с яркой внешностью или быстрого, «сверкающего» взглядом. Но эта гипотеза слабее — у неё нет широкой лексической поддержки в письменных источниках.

Фамилия редкая, нечастотная. В дореволюционных переписях Зыскины встречаются в основном в Вятской и Пермской губерниях — на территории бывшего русского Севера, где слово «зыскать» ещё бытовало в живой речи. Сословно это могли быть государственные крестьяне или мещане, реже — купцы. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Любопытно, что однокоренные фамилии — Зысков, Зыскалов — встречаются ещё реже, а Зыскин остаётся самым устойчивым вариантом. Это косвенно подтверждает, что прозвищная основа была именно в форме Зыска, а не Зыск или Зыско.