Фамилия Зискин — один из тех случаев, когда угадать происхождение по звучанию почти невозможно, пока не заглянешь в историю имён. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Зискин, то есть сын или потомок человека по имени Зиска. А Зиска — это просторечная, обиходная форма древнееврейского имени Исаак (в русской традиции — Исаакий, в западной — Айзек). В среде еврейского населения Российской империи имя Исаак нередко редуцировалось до звательных и уменьшительных форм вроде Ицик, Изик, Зиска. Суффикс -ка здесь выполнял ту же роль, что и в русских именах (Ванька, Петька), — делал имя более коротким и бытовым.

Таким образом, Зискин — это типичная патронимическая фамилия, распространённая в основном среди еврейских семей, живших на территории черты оседлости (современные Украина, Беларусь, Польша, Литва). Носитель такой фамилии — потомок человека, которого в быту звали Зиской, то есть Исааком. Важно, что суффикс -ин в еврейских фамилиях нередко заменял более привычные для ашкеназской традиции окончания -ский или -ович, но при этом сохранял ту же грамматическую логику: указание на отца.

В ономастике встречается и альтернативное объяснение: иногда Зискин могло быть образовано от прозвища, связанного с диалектным словом «зиск» или «зыск» (поиск, розыск), но эта версия значительно слабее. Во-первых, такое прозвище не зафиксировано в исторических источниках как распространённое, а во-вторых, антропонимическая модель с отчеством от библейского имени объясняет фамилию гораздо проще и естественнее.

Фамилия не относится к числу старых дворянских или крестьянских русских фамилий — её массовое появление приходится на XIX век, когда у еврейского населения Российской империи стали фиксировать фамилии для переписи и воинской службы. Поэтому у Зискиных нет сословной истории в привычном для России понимании, зато есть чёткая региональная привязка к западным губерниям. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия встречается в Витебской, Могилёвской, Киевской губерниях, а также в Царстве Польском. Сегодня Зискины живут по всему миру — в Израиле, США, Германии, но корни почти всегда ведут в те же места.