Фамилия Абагуев образована от восточного мужского имени Абаг, которое в переводе на русский язык означает «горная вода». Согласно другой гипотезе, фамилия Абагуев ведет свое начало от прозвища Абагуй, основой для которого послужило тюркское нарицательное «абаг», что в переводе на русский язык означает «воля». Вероятно, прозвище отражало особенности характера и поведение основателя фамилии (свободный, независимый человек). Существует также версия, по которой фамилия Абагуев восходит к топониму Абагуй — это название села, расположенного в Забайкальском районе Читинской области. В этом случае можно предположить, что предок обладателя фамилии Абагуев был уроженцем этого села, либо долгое время проживал в нем.