Фамилия Абдулнафеева строится необычно: русский патронимический суффикс -ев здесь присоединили к арабскому личному имени Абдулнафи (или Абдуннафи). В переводе с арабского оно означает «раб Дарующего благо» или «раб Полезного» — речь об одном из 99 имён Аллаха, ан-Нафи‘. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Абдулнафе́ева.

Модель образования типична для регионов России с традиционным исламом: к отцовскому имени добавили суффикс -ев (после мягкого согласного, как в фамилии Андреев). Сначала появилось отчество Абдулнафеевич, а затем и фамилия. Женская форма Абдулнафеева — стандартный вариант для дочери или жены: в русской традиции женские фамилии на -а образуются от мужской основы.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону, в первую очередь к Татарстану и Башкортостану, а также к кавказским республикам (Дагестан, Чечня) и Средней Азии. Встречается она нечасто, что говорит о её относительно позднем закреплении: многие подобные фамилии в тюрко-мусульманской среде оформились только в конце XIX — начале XX века, когда начался массовый учёт населения.

В дореволюционных записях фамилию могли записать по-разному — Абдулнафеев, Абдул-Нафеев, а иногда и с буквой «ъ» на конце (Абдулнафеевъ). В некоторых диалектах имя произносили как Абдулнафий, поэтому в документах встречается вариант Абдулнафиев. Оба написания означают одно и то же, но форма с «е» (Абдулнафеева) — результат адаптации арабского звука «а» к русской фонетике.

Предки носительницы этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, жившими в сельской общине. Имя Абдулнафи давали в семьях, где ценили религиозное образование, — оно указывает на благочестие, а не на знатное происхождение. Фамилия не титульная, а «отчество в третьем поколении», и её главная ценность — в прямой связи с арабской ономастикой и историей ислама в России.