Фамилия Абекенова — женская форма фамилии Абекенов, и её разбор даёт редкую возможность увидеть, как тюркское уважение к старшим превратилось в русский паспортный штамп. Основа здесь — личное имя Абекен, которое почти наверняка сложилось в казахской или башкирской среде. В тюркских языках элемент «абек» или «абеке» — это уменьшительно-ласкательная форма от «абы» (старший родственник, дядя, уважаемый человек). Суффикс -кен только усиливает ласковый оттенок, так что имя Абекен можно перевести как «дорогой дядя» или «уважаемый старший». Фамилия буквально означает «потомок Абекена».

Модель образования классическая для русской адаптации нерусских фамилий: к тюркской основе добавили патронимический суффикс -ов (в женском варианте -ова). Это прямо указывает на то, что фамилию оформляли в русской канцелярской традиции в XIX–XX веках, когда представителям тюркских народов Российской империи массово присваивали фамилии по отцу или деду. В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ по профессии или внешности, Абекенова несёт не характеристику человека, а указание на уважение к предку — типичный ход для тюркской антропонимии, где имя старшего родственника становилось родовым знаком.

Географически фамилия Абекенова наиболее характерна для Казахстана, а также встречается среди казахов и татар в Оренбургской, Астраханской и Челябинской областях России. Встречаемость её невысока — это говорит либо о сравнительно позднем закреплении, либо о локальном бытовании в пределах одного рода. Спорных версий у этой фамилии практически нет: тюркская основа прозрачна, русский суффикс не оставляет сомнений в способе оформления, а альтернативные гипотезы (например, связь с арабским «абд» — раб) отпадают из-за отсутствия характерного звукового перехода.