Фамилия Абекенова — женская форма фамилии Абекенов. Её основа, Абекен, почти наверняка восходит к личному имени тюркского происхождения. В казахском, башкирском и других тюркских языках распространены имена с элементом «абек» или «абеке», который является уменьшительно-ласкательной формой от «абы» (старший родственник, дядя, уважаемый человек). Суффикс -кен усиливает ласкательный оттенок, так что Абекен можно перевести как «уважаемый старший» или «дорогой дядя». Таким образом, фамилия буквально означает «потомок Абекена».

Модель образования здесь классическая для русской адаптации нерусских фамилий: к основе добавлен русский патронимический суффикс -ов (женский вариант -ова). Это указывает на то, что фамилия оформлялась в русской канцелярской традиции в XIX–XX веках, когда представителям тюркских народов, входивших в состав Российской империи, массово присваивали фамилии по отцу или деду.

Географически фамилия Абекенова наиболее характерна для Казахстана, а также встречается среди казахов и татар в Оренбургской, Астраханской и Челябинской областях России. Встречаемость её невысока, что говорит о сравнительно позднем закреплении или о локальном бытовании в пределах одного рода.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ по профессии или внешности, Абекенова несёт в себе не характеристику человека, а указание на уважение к предку. Это типично для тюркских антропонимических систем, где имя старшего родственника становилось родовым знаком. Спорных версий у этой фамилии практически нет — тюркская основа прозрачна, а русский суффикс не оставляет сомнений в способе её оформления.