Фамилию Абекенов чаще всего объясняют как фамилию, образованную от тюркского или арабо-тюркского мужского имени Абекен. Это имя в свою очередь — сложное: оно состоит из компонента «аб» (от арабского «абд» — раб, слуга) и «кен» (от тюркского «кен» — широкий, просторный, или же как вариант — «кен» в значении «руда», «источник»). Таким образом, первая часть отсылает к популярной модели мусульманских имён со значением «раб (Всевышнего)», а вторая могла означать «широкий», «обильный». Полный смысл мог быть близок к «раб Всеобъемлющего» (то есть Бога) или «раб, обладающий широтой души».

По словообразовательной модели это типичная русская фамилия на -ов, закрепившаяся за носителями имени Абекен. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Абекена» или «из рода Абекена». Такие фамилии массово оформлялись у крещёных татар, башкир, казахов и других тюркоязычных народов Российской империи в XIX — начале XX века, когда им давали русские патронимические окончания. Географически фамилия Абекенов наиболее характерна для Оренбургской, Челябинской областей и Башкортостана — регионов, где исторически смешивались тюркские и славянские фамильные традиции.

Встречается и более редкая версия, связывающая основу с немецкой фамилией Абекен (Abeken), которую носили, например, некоторые балтийские немцы. Однако в русском контексте эта гипотеза слабая: фамилия Абекенов с русским суффиксом -ов почти не фиксируется среди потомков немецких колонистов, а её ареал совпадает с тюркским этническим регионом. Поэтому тюркское происхождение от имени Абекен — основное и наиболее правдоподобное.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии в большинстве своём относились к сословию государственных крестьян или казаков. В дореволюционных метрических книгах Уфимской и Оренбургской губерний Абекеновы записаны как тептяри и башкиры-вотчинники. Фамилия недворянская, что типично для поздних патронимических образований из тюркской среды.