Фамилия Абекенов — это типичный пример того, как тюркское имя получило русскую форму в XIX — начале XX века. Её основа — мужское имя Абекен, которое само по себе составное. Первая часть «аб» восходит к арабскому «абд» (раб, слуга), вторая «кен» — к тюркскому «кен» (широкий, просторный; реже — «руда», «источник»). Получается смысловая конструкция вроде «раб Всеобъемлющего» (то есть Бога) или «раб, обладающий широтой души». Такая модель имён — «абд» + один из эпитетов Всевышнего — очень распространена в мусульманской традиции, хотя здесь тюркский компонент «кен» не является прямым аналогом арабского имени Бога, а скорее передаёт идею широты и обилия.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: к основе Абекен пришили русский патронимический суффикс -ов. Это означает «сын Абекена» или «из рода Абекена». Массово такие фамилии оформляли у крещёных татар, башкир, казахов и других тюркоязычных народов, когда им давали русские окончания при записи в метрики, ревизские сказки или военные списки.

Географически фамилия Абекенов плотно привязана к Оренбургской, Челябинской областям и Башкортостану. Именно там исторически смешивались тюркские и славянские фамильные традиции, и там же фиксируются основные дореволюционные записи. В метрических книгах Уфимской и Оренбургской губерний Абекеновы значатся как тептяри и башкиры-вотчинники — то есть государственные крестьяне или казаки. Фамилия недворянская, что нормально для поздних патронимических образований из тюркской среды.

Существует и редкая версия, выводящая фамилию от немецкой Abeken (её носили некоторые балтийские немцы). Но она слабая: фамилия Абекенов с русским суффиксом -ов почти не встречается среди потомков немецких колонистов, а её ареал полностью совпадает с тюркским регионом. Поэтому тюркское происхождение от имени Абекен — основное и наиболее правдоподобное объяснение.