Фамилия Алекенов — редкий пример того, как тюркское имя органично вписалось в русскую фамильную систему, сохранив исходное звучание, но получив привычное окончание. Её главная особенность — сочетание тюркской основы с русским патронимическим суффиксом -ов. Корень указывает на происхождение из тюркоязычной среды (татары, башкиры, казахи или народы Кавказа), а окончание — на позднейшую русификацию, типичную для XVIII–XIX веков, когда многие нерусские фамилии адаптировали под общероссийские стандарты.

Основа «Алекен» — это, скорее всего, фонетический вариант имени Алихан. Оно составлено из арабского «али» (возвышенный) и тюркского «хан» (правитель). В тюркских языках звук «х» часто смягчается или выпадает, поэтому Алихан мог превратиться в Алекен. Сравните: казахское Әліхан и разговорное Әлекен. Таким образом, Алекенов буквально означает «потомок Алихана» или «сын Алекена». Эта версия хорошо подтверждается ономастикой Поволжья, где форма Алекен как производная от Алихана встречается в документах.

Есть и менее вероятная гипотеза — от прозвища. В некоторых говорах «алекен» или «алякен» могло означать человека непоседливого, суетливого (от тюркского «әлек» — хлопоты, беспокойство). Но для фамилии эта версия слаба: прозвищная модель с суффиксом -ен в русском языке почти не встречается, а вот имя Алекен как форма Алихана — хорошо известна.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением — Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, а также к Казахстану. Изредка попадается у азербайджанцев и народов Дагестана, где имя Алихан популярно, но там фамилия чаще оканчивается на -ов или -ев без изменений. Алекенов — показательный случай: тюркское имя прижилось в русской фамильной системе, сохранив звуковой облик, но подчинившись грамматике русского языка.