Фамилия Алдекенова образована от мужского имени Алдекен — тюркской уменьшительной формы арабского имени Али (высокий, возвышенный, могучий) с добавлением ласкательного суффикса -кен, характерного для казахской и других тюркских ономастик. Таким образом, исходное значение фамилии — «потомок (или дочь) Алдекена», где Алдекен — домашнее, обиходное имя человека по имени Али.

Суффикс -ов (-ева) указывает на русскую или обрусевшую форму фамилии, которая возникла при оформлении тюркского имени в русском делопроизводстве. В самой казахской среде фамилия сохранила бы окончание -улы/-кызы или осталась бы без суффикса (Алдекен). Поэтому Алдекенова — это, скорее всего, фамилия человека, чьи предки в XIX–XX веках жили в смешанной среде или были записаны русскими чиновниками.

Корень «Али» — один из самых распространённых в мусульманском мире, поэтому фамилия не привязана к одному региону, но географически чаще встречается в Казахстане, Оренбургской и Астраханской областях России. Встречаются варианты написания: Алдыкенова, Алдекенов (мужская форма).

С точки зрения социального контекста: носительницы фамилии Алдекенова — это потомки человека, которого в быту звали ласково, уменьшительно. Сам Алдекен мог быть кем угодно — от кочевника-скотовода до ремесленника или торговца, но фамилия не несёт указания на сословие или ремесло. Она чисто патронимическая (по отцу).