Фамилия Альдекенов интересна тем, что исходное слово почти полностью сохранилось в неизменном виде, а русский суффикс лишь подстроил его под привычную модель. Основа здесь — «Альдекен», и чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не в сторону славянских корней, а на восток.

Скорее всего, фамилия образована от мужского имени Альдекен (или Альдикен) — варианта тюркского имени, распространённого у татар, башкир и других народов Поволжья. Разбираем словообразовательную модель: в основе лежит арабское имя Альди́н (аль-Дин — «вера», «религия»), к которому добавили уменьшительно-ласкательный тюркский аффикс -кен/-кан. Получается что-то вроде «маленький Альдин» или «Альдин-сынок». Такие имена-обереги или ласковые прозвища в быту часто вытесняли полное имя.

Фамилия строится по простой русской схеме: к основе на согласный добавляется патронимический суффикс -ов. То есть Альдекенов буквально значит «сын Альдекена». Это типично для поздних фамилий, которые фиксировались уже в XIX — начале XX века, когда тюркские народы массово получали русские фамилии по отцу. В отличие, скажем, от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от основ на -а/-я, суффикс -ов здесь стандартный для мужских имён, оканчивающихся на согласный. Обратите внимание: фамилия не прошла через долгий путь адаптации, как, например, Альдекеев (с заменой суффикса), а сохранила исходное имя почти целиком — это редкая черта, указывающая на позднее и «бумажное» оформление.

Географически фамилия тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану и Татарстану — регионам, где веками жили смешанные тюрко-славянские общины. Встречается она крайне редко, что указывает на относительно недавнее оформление и узкий круг носителей. Возможно, предки Альдекеновых были крещёными татарами или башкирами, принявшими православие и вместе с ним — русскую модель фамилии.

Есть и альтернативная, но менее убедительная версия: связь с немецкой фамилией Aldeken (от топонима Альдекен в Вестфалии). Однако для русской фамилии такое объяснение маловероятно — слишком специфична география бытования и слишком прозрачна тюркская основа. Если бы фамилия была немецкой, мы бы ожидали её в среде остзейских немцев или в Петербурге, а не в Поволжье. К тому же, в немецком варианте суффикс -ов был бы чужеродным элементом, а в русской среде он как раз стандартен. Так что версия с тюркским именем остаётся основной.