Фамилия Альдекенова редкая, и её происхождение неочевидно сразу — корни здесь тюркские, а не славянские. Основа «Альдекен» восходит к сложносоставному имени или прозвищу. Разберём её по частям. Первая часть, «Аль-», в тюркских именах часто означает «алый», «красный» или является частью имени «Али» (высокий, возвышенный). Вторая часть, «декен» или «текин», — это вариант древнетюркского титула «тегин» (принц, царевич). Наиболее правдоподобная версия: фамилия образована от имени Алтынбек (золотой князь) или Алдикен, которое в русской записи со временем утратило «н» и превратилось в Альдекен. Суффикс «-ова» здесь указывает на принадлежность: «дочь (или жена) Альдекена». Значит, первый носитель фамилии — человек по имени Альдекен, вероятно, потомок местного правителя или уважаемого старейшины.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, Казахстан, а также к астраханским и оренбургским татарам. В русских документах XVIII–XIX веков фамилии на «-ов» и «-ев» массово давали крещёным инородцам или записывали так по аналогии с русскими. Альдекенова — женская форма, мужская — Альдекенов. Носителей очень мало, фамилия не зафиксирована в массовых справочниках, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в одном или двух родах. Встречается вариант написания через «е» после «к» — Альдеке́нова, с ударением на второй слог, что типично для татарских фамилий, адаптированных русским языком.

Есть две спорные версии. Первая, основная, — имя-титул, указывающее на знатное происхождение. Вторая — прозвище по месту жительства (от названия урочища Альдекен), но топонимика её не подтверждает. Менее вероятно, что основа «декен» связана с казахским «декен» (дехканин, земледелец): тогда фамилия указывала бы на род занятий, но имя-титул давали чаще, поэтому эта версия слабее. Если копнуть глубже, в словообразовательной модели обращает на себя внимание редкость самой основы — в тюркских фамилиях, адаптированных русским языком, сочетание «-екен» встречается нечасто, что делает Альдекенову не просто локальной, но и ономастически уникальной.