Фамилия Альдекенова — редкая, и её происхождение неочевидно. Чтобы понять корень, нужно смотреть в сторону тюркских языков, а не славянских. Основа «Альдекен» скорее всего восходит к сложносоставному имени или прозвищу.

Первая часть, «Аль-», в тюркских именах часто означает «алый», «красный» или является частью имени «Али» (высокий, возвышенный). Вторая часть, «декен» или «текин», может быть вариантом слова «тегин» (принц, царевич в древнетюркской титулатуре) или диалектной формой «декан» (в значении «степь», «равнина»). Наиболее правдоподобная версия: фамилия образована от имени Алтынбек (золотой князь) или Алдикен, которое со временем в русской записи утратило «н» и превратилось в Альдекен. Суффикс «-ова» указывает на принадлежность: «дочь (или жена) Альдекена». Значит, первый носитель фамилии был человеком, которого звали Альдекен, — возможно, сыном или потомком местного правителя или уважаемого старейшины.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, Казахстан, а также к астраханским и оренбургским татарам. В русских документах XVIII–XIX веков фамилии на «-ов» и «-ев» массово давали крещёным инородцам или записывали так по аналогии с русскими. Альдекенова — женская форма, мужская — Альдекенов. Носителей очень мало, фамилия не зафиксирована в массовых справочниках, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в одном или двух родах.

Встречается вариант написания через «е» после «к» — Альдеке́нова, с ударением на второй слог, что типично для татарских фамилий, адаптированных русским языком. Если копнуть глубже, основа «декен» может быть связана с казахским «декен» (дехканин, земледелец) — тогда фамилия указывала бы на род занятий, но это менее вероятно, так как имя-титул давали чаще. Спорных версий здесь две: либо имя-титул, либо прозвище по месту жительства (от названия урочища Альдекен), но второй вариант не подтверждается топонимикой.