Фамилия Алекеева — редкая и неоднозначная, её происхождение лежит на стыке русской народной речи и возможного иноязычного влияния. Ключ к разгадке — в суффиксе и корне. Суффикс -ев указывает на стандартную русскую модель образования отчества или прозвища, отвечающего на вопрос «чей?». Основа «Алеке-» явно восходит к имени, и самое очевидное объяснение — это фонетический вариант имени Алексей. В просторечии имя часто редуцировалось: в южнорусских и украинских диалектах, особенно в Орловской, Курской, Воронежской губерниях, форму «Алексе́й» произносили с ударением на последний слог — «Алеке́й». От этого просторечного имени и пошло отчество: «Алекеев сын» — Алекеев. Фамилия Алекеева — женская форма от этой основы.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с тюркскими корнями. В тюркских языках есть личное имя Алекей (или Аликай), образованное от арабского Али («высокий», «возвышенный») с добавлением уменьшительного суффикса. Если предки носителей жили в регионах с сильным татарским или башкирским влиянием (Поволжье, Урал), фамилия могла возникнуть независимо от русского Алексея. Однако спор решается просто: подавляющее большинство носителей фамилии Алекеева в России — русские, и их предки жили именно в тех областях, где имя Алексей произносили с усечением. Тюркский вариант дал бы скорее фамилию Аликеев или Алекеев с другим ударением и написанием.

Социальный контекст тоже проясняет картину. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды. Фамилии на -ев в массе своей закрепились за непривилегированными сословиями в XVIII–XIX веках, когда крестьянам массово давали отчества по имени отца. Дворянские фамилии с таким корнем встречаются редко и обычно имеют более полную форму — Алексеевы. Алекеевы — это люди, чей предок звался просто Алекеем, и в этом имени нет ни претензии на знатность, ни экзотики — только живая народная речь, зафиксированная в документе. Фамилия получилась неоднозначной именно из-за этого искажения, возникшего на стыке разных языковых традиций или при небрежной записи в документах.