Фамилия Алекенова — женская форма фамилии Алекенов, и её происхождение стоит искать в мужском имени или прозвище. Основа «Алекен» с высокой вероятностью восходит к крестильному имени Алексей, которое в народной бытовой речи часто сокращали и переиначивали: Алекса, Алеха, Алеша, а в некоторых говорах — Алекен. Суффикс «-ен» в данном случае мог быть уменьшительно-ласкательным или просторечным вариантом, характерным для южнорусских и украинских диалектов. Таким образом, Алекен — это одна из множества производных форм от Алексей, означавшего «защитник» (от греч. алексо — защищать).

Модель образования фамилии стандартна для русских фамилий на -ов/-ев: к основе «Алекен» прибавили патронимический суффикс, указывающий на принадлежность («чей?» — Алекенов сын). То есть Алекенов — это «сын Алекена», а Алекенова — его жена или дочь. Такая модель массово закрепилась у крестьян и мещан после отмены крепостного права в 1861 году, когда фамилии стали обязательными для всех сословий.

Географически фамилия Алекенов и её формы встречаются редко, что говорит о локальном происхождении. Наиболее вероятные районы бытования — юг России (Курская, Воронежская, Ростовская области) или восток Украины, где диалектное «аканье» и мягкие окончания были в ходу. Встречается и написание через «о» — Олекенов, что тоже указывает на южнорусскую или украинскую основу, так как там произношение «Олекса» было нормой.

Если отбросить версию с именем Алексей, остаётся маловероятный вариант связи с тюркским словом «алек» (в некоторых языках — «глупец» или «простак»). Но для русской фамилии такая основа нетипична, и большинство носителей Алекеновых — русские или украинцы. Поэтому основная версия — от имени Алексей через просторечную форму Алекен — самая правдоподобная.

Носители фамилии Алекенова не относятся к известным дворянским родам, в исторических документах до XIX века она почти не фиксируется. Это фамилия позднего, народного происхождения, и её обладатели — скорее всего, потомки крестьян или однодворцев из южных губерний России.