Фамилия Алекенова — женская форма, образованная от фамилии Алекенов, а её корни уходят в мужское имя или прозвище. В основе лежит «Алекен», которое с большой вероятностью восходит к крестильному имени Алексей. В народной речи это имя часто сокращали: Алекса, Алеха, Алёша, а в некоторых говорах — до формы Алекен. Суффикс «-ен» здесь, скорее всего, играл роль уменьшительно-ласкательного или просторечного варианта, что особенно характерно для южнорусских и украинских диалектов. Имя Алексей, от греческого «алексо» — защищать, означает «защитник», и Алекен — одна из многих его производных форм.

Модель образования фамилии типична для русских фамилий на -ов/-ев: к основе «Алекен» добавили патронимический суффикс, указывающий на принадлежность. Алекенов — это буквально «сын Алекена», а Алекенова — его жена или дочь. Такая схема массово закрепилась у крестьян и мещан после отмены крепостного права в 1861 году, когда фамилии стали обязательными для всех сословий. Это объясняет, почему фамилия почти не встречается в документах до XIX века.

Географически фамилия Алекенов и её формы редки, что указывает на локальное происхождение. Наиболее вероятные районы бытования — юг России (Курская, Воронежская, Ростовская области) или восток Украины, где диалектное «аканье» и мягкие окончания были в ходу. Встречается и вариант написания через «о» — Олекенов, что также подтверждает южнорусскую или украинскую основу, так как там произношение «Олекса» было нормой. Эта деталь — ключевая для понимания: написание через «о» прямо указывает на региональные особенности речи, где звук «о» в начале слова не редуцировался.

Если отбросить версию с именем Алексей, остаётся маловероятный вариант связи с тюркским словом «алек» (в некоторых языках — «глупец» или «простак»). Однако для русской фамилии такая основа нетипична, и большинство носителей Алекеновых — русские или украинцы. Поэтому основная версия — от имени Алексей через просторечную форму Алекен — самая правдоподобная. Носители фамилии Алекенова не относятся к известным дворянским родам, это фамилия позднего, народного происхождения, и её обладатели — скорее всего, потомки крестьян или однодворцев из южных губерний России.