Фамилия Аберкова — женская форма, её мужской вариант Аберков. Основа фамилии неочевидна на первый взгляд, но укладывается в несколько типичных для русских фамилий моделей. Разбирать её лучше всего через суффикс: -ов- указывает на классическую патронимическую модель, то есть «сын Аберка». Таких фамилий много в среде крестьян и мещан центральных и северных губерний России.

Самое простое и правдоподобное объяснение: в основе лежит личное имя или прозвище Аберк, Аберко. Оно могло возникнуть как народная форма крестильного имени Аверкий. В диалектной речи звук «в» часто заменялся на «б» — явление, обычное для русских говоров (сравните «Абрам» из «Авраам»). Так из Аверко получилось Аберко. Само имя Аверкий греческого происхождения, в святцах его толкуют как «удерживающий, удаляющий», но в народной среде оно быстро потеряло связь с исходным значением и превратилось в бытовое прозвище.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища, связанного с диалектным словом «аберка» или «оберка». В некоторых говорах так называли непоседу, вертлявого человека, либо того, кто постоянно «оборачивается», оглядывается. В этом случае фамилия образована по той же модели, что и Вертиков, Крутиков, — от глагола со значением движения.

Фамилия редкая, нечастотная, что говорит о её локальном бытовании — скорее всего, в одной или нескольких соседних областях. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале, куда переселенцы несли с собой прозвищные формы имён. Интересная деталь: написание через «е» (Аберкова, а не Оберкова) закрепилось, вероятно, под влиянием письменной фиксации в церковных метриках, где писарь записывал имя на слух, не задумываясь о диалектной акающей норме. Поэтому носителям фамилии стоит искать своих предков именно по варианту с «а» в корне.