Фамилия Абнагимов — довольно редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если попробовать разобрать её по составу, сразу бросается в глаза основа «Абнагим-», которая не похожа ни на славянское имя, ни на распространённое прозвище от профессии или внешности. Наиболее вероятное объяснение лежит в области тюркских языков и исламской ономастики.

Скорее всего, в основе фамилии лежит личное имя Абнагим (или Абнагим). Это вариант арабского имени Ибрагим (библейский Авраам) с приставкой «аб-» (араб. عبد — «раб», «слуга»). Полная форма звучала бы как Абд-аль-Ибрагим или Абдул-Ибрагим — «раб Ибрагима» (то есть раб Бога, так как Ибрагим — пророк). В разговорной тюркской речи имя упростилось: «Абдул-Ибрагим» стянулось в «Абнагим». Такая модель словообразования типична для народов Поволжья и Кавказа: татар, башкир, кумыков, ногайцев. Суффикс -ов указывает на русскую адаптацию фамилии, которая закрепилась после крещения или при получении паспортов в Российской империи.

Есть и другая, менее вероятная версия. Фамилия могла возникнуть от прозвища Абнагим, данного человеку, который часто повторял имя пророка Ибрагима или отличался религиозностью. Однако в ономастике более надёжным считается путь от личного имени, а не от прозвища, если имя зафиксировано в мусульманской традиции.

Географически фамилия Абнагимов встречается преимущественно среди татар и башкир, а также в среде народов Дагестана. Встречаемость крайне низкая, что говорит о локальном происхождении от одного или нескольких родов. В дореволюционных документах такую фамилию могли носить крестьяне или мещане, но не дворяне — она не входит в списки столбового дворянства.

Таким образом, Абнагимов — это русифицированная патронимическая фамилия (по отцу) от тюркской формы мусульманского имени Ибрагим. Носитель такой фамилии — потомок человека, которого в быту звали Абнагим, что означало «раб Бога» в исламском понимании.