Фамилия Абунагимов — редкий пример фамилии, образованной от арабского именования по формуле «абу + имя». В основе лежит имя Абунагим, которое состоит из двух частей: компонента «абу» (араб. «отец») и имени Нагим. В арабской ономастике «абу» часто указывает на то, что человека называли по имени его старшего сына — то есть Абунагим буквально означает «отец Нагима». Однако у этого компонента есть и второе значение: «обладатель» (как в прозвище Абу Нувас — «обладатель кудрей»). Поэтому имя Абунагим можно также перевести как «обладатель счастья» или «обладатель благополучия»: имя Нагим в арабском означает «счастье, спокойствие, благополучная жизнь», а также «сладкий вкус, удовольствие, наслаждение».

Фамилия Абунагимов — типичная русская патронимическая модель, где к основе Абунагим добавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Абунагима». Такая модель образования фамилий (арабское имя + русский суффикс) характерна для народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии, где в XIX–XX веках при фиксации фамилий в документах к местным именам добавляли русские окончания. Судя по географии, фамилия встречается преимущественно в Дагестане и среди татар, что подтверждает её происхождение из регионов с сильным арабским и тюркским влиянием.

В отличие от многих фамилий на -ов, которые восходят к славянским именам или прозвищам, Абунагимов сохраняет прямую связь с арабской антропонимической традицией. В арабском мире именование Абунагим (или Абу Нагим) не редкость, но в русской фамильной форме оно закрепилось только в тех семьях, где предка официально записали под этим именем, а не под более привычным для исламской среды именем без «абу». Это делает фамилию своеобразным маркером: её носители — потомки человека, которого в быту называли по старшему сыну или дали прозвище с оттенком «обладатель счастья».

Других версий происхождения, кроме арабской, у фамилии нет — ни тюркских, ни славянских корней в основе не прослеживается. Спорным остаётся лишь вопрос, какое из значений «абу» было первичным для конкретного предка: «отец» или «обладатель». Ономастика допускает оба варианта, но в контексте русских фамилий, образованных от арабских имён, чаще срабатывала первая модель — именование по сыну, так как она была естественна для бытового общения.