Фамилия Абудков с виду проста, но её корень «Абудк-» в современном русском языке не встречается. Разгадка лежит в диалектной лексике или в искажении личного имени.

Самая вероятная версия — прозвище или мирское имя Абудка. В южнорусских и украинских говорах «абудить» означало «будить, пробуждать». Абудкой могли назвать беспокойного человека, который рано вставал или не давал спать другим. Суффикс -к- в основе типичен для уменьшительно-бытовых форм: от глагольного прозвища легко образовалось имя Абудка, а от него — фамилия по модели «чей?» — Абудков. В пользу этой версии говорит и география: фамилия встречается в Курской и Белгородской областях, где такой говор был распространён. В дореволюционных переписях фамилию иногда записывали как Обудков — с аканьем на письме, что ещё раз подкрепляет связь с глаголом «будить» (акающий говор превращал «обудка» в «абудка»).

Менее вероятная гипотеза — связь с тюркским именем Абуд (арабское «Абд» — «раб», «слуга»). В таком случае Абудка — русифицированная форма имени, а фамилия указывает на потомка человека по имени Абуд. Но для этой версии нет устойчивой географической привязки: Абудковы компактно живут в центрально-чернозёмных регионах, а не в зоне активных тюркских контактов.

Суффикс -ов — стандартный патронимический, указывающий на принадлежность: «сын Абудки». Фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская, что подтверждается её отсутствием в родословных книгах и равномерным бытованием в сёлах. В Курской области встречаются упоминания Абудковых среди крестьян-однодворцев XIX века. Известных носителей с общероссийской славой нет. Фамилия хранит память о бытовом прозвище предка — скорее всего, человека с живым, «будящим» характером.