Фамилия Абышкаева — вариант женского рода от мужской Абышкаев, и её происхождение уходит корнями в тюркские языки. Основа «абыш» или «абышка» восходит к слову «абыз» (в некоторых диалектах — «абыш»), что означает «наставник», «учитель» или «грамотей». В тюркской среде так называли человека, знающего Коран, нередко — муллу или сельского грамотея, который вёл записи и обучал детей. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть уважаемым человеком, связанным с религиозным или письменным знанием.

Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Абышкаев буквально значит «сын (или потомок) Абышки». Модель образования типична для русских фамилий, возникших в среде татар, башкир или других тюркских народов, которые входили в состав Российского государства. Фамилия не относится к самым распространённым, но встречается в Поволжье, на Южном Урале и в Западной Сибири — регионах, где традиционно сильны татарские и башкирские общины.

Интересно, что в некоторых говорах «абышка» могло быть и прозвищем — ласково-ироничным обращением к пожилому или мудрому мужчине, вроде «дедок» или «старичок». В таком случае фамилия отражает не профессию, а внешнюю или возрастную черту родоначальника. Обе версии имеют право на существование, но первая (связь с грамотностью и религией) подкрепляется тем, что слово «абыз» фиксируется в исторических документах как обозначение конкретного социального слоя.

В написании фамилии возможны колебания: изредка встречается вариант Абышкаев (без «а» на конце в мужском роде), но в русской грамматике женская форма Абышкаева закрепилась через суффикс притяжательности. Если искать аналоги, можно вспомнить фамилии Абызов, Абышев — они образованы от того же корня, но с другими суффиксами, что говорит о разных ветвях одного гнезда.