Фамилия Агафодорова — редкий случай, когда в основе лежит не просто крестильное имя, а имя с прозрачной и возвышенной внутренней формой. Она образована от мужского имени Агафодор, которое пришло из греческого языка и буквально означает «благой дар» (ἀγαθός — «благой», δῶρον — «дар»). В церковном календаре это имя известно, но широкого распространения в народе не получило — отсюда и редкость самой фамилии.

Фамилия построена по стандартной модели: к основе имени Агафодор- добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Агафодора). Окончание -а — женский вариант, то есть форма Агафодорова говорит о женщине или о семье в целом (как «чья?» — из дома Агафодоровых). Мужской вариант — Агафодоров.

Скорее всего, родоначальник Агафодоровых был человеком духовного или привилегированного сословия. Имя Агафодор в XIX веке чаще встречалось в среде духовенства, где любили редкие греческие имена, а не в крестьянской среде, где предпочитали привычные Иванов и Петров. Это подтверждает и известный носитель имени — Агафодор (в миру Павел Флегонтович Преображенский), епископ ставропольский, сын причётника, оставивший богословские труды. Его работы — «Успенско-Эрандский общежительный монастырь в Абхазии», «Толковый молитвенник» (выдержавший более 12 изданий), «Наставление в Законе Божием» — показывают, что имя бытовало в образованных церковных кругах.

Таким образом, фамилия Агафодорова — не простая «отчество от имени», а маркер социального слоя: она указывает на происхождение из семьи, где ценили книжность и церковную образованность. Встретить её можно редко — она не попала в массовые крестьянские фамилии, а осталась в узком кругу потомков духовенства.