Основой фамилии Агафодоров послужило церковное имя Агафод. Фамилия Агафодоров образована от крестильного мужского имени Агафодор, которое в переводе с греческого на русский язык означает «благой дар». Известный обладатель имени - Агафодор (в миру Павел Флегонтович Преображенский) — духовный писатель, сын причётника, епископ ставропольский. Его труды: «Успенско-Эрандский общежительный монастырь в Абхазии, на Кавказе, близ г. Сухума» (Ставрополь, 1894); «Речи и слова»; «Катехизические поучения о вере»; «Катехизические поучения о христианской надежде и любви»; «Наставление в Законе Божием, для начальных училищ» (более 12 изданий); «Толковый молитвенник» (Ставрополь, 1903). Скорее всего, основатель рода Агафодоровых был представителем привилегированного сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Агафод, со временем получил фамилию Агафодоров.