Фамилия Агафодоровы происходит от мужского крестильного имени Агафодор. В переводе с греческого оно означает «благой дар» — слово «агатос» (благой) соединилось с «дорон» (дар). Имя это давали при крещении, и в русской традиции оно встречалось в основном в среде духовенства.

Фамилию образовали по самой распространённой модели: к основе имени Агафодор добавили суффикс -ов. Так на Руси получали фамилии потомки человека по его личному имени. То есть Агафодоровы — это буквально «дети Агафодора».

Самая известная историческая фигура с этим именем — епископ Ставропольский Агафодор (в миру Павел Флегонтович Преображенский). Он был сыном причётника, окончил духовную академию и оставил заметный след в церковной литературе. Его труды — «Успенско-Эрандский общежительный монастырь в Абхазии», «Катехизические поучения», «Толковый молитвенник» и «Наставление в Законе Божием» — выдержали более двенадцати изданий и использовались в начальных училищах. Скорее всего, основатель рода Агафодоровых тоже имел отношение к церковной среде или принадлежал к привилегированному сословию. В крестьянской среде такие редкие греческие имена почти не встречались.

Фамилия Агафодоровы — не массовая. Она не попала в списки самых частых русских фамилий, и это как раз говорит о её происхождении: имя Агафодор было редким даже среди духовенства. Встречаются варианты написания с одной «о» в середине (Агафодров) — результат бытового упрощения, но исходная форма сохраняется в церковных метриках.

О точном месте и времени возникновения фамилии сейчас говорить сложно: процесс формирования фамилий у духовенства растянулся на несколько столетий. Но ясно одно: Агафодоровы носят фамилию, которая прямо отсылает к греческому значению «благой дар» и к церковной традиции, где такие имена давали не случайно, а с особым смыслом.