Фамилия Агафоова — редкий случай, когда написание сразу выдает историю. Двойное «о» в суффиксе — Агафоов, а не привычное Агафов — возникло не случайно. Это так называемая фамилия с «накладкой» суффиксов. Разбираем словообразовательную модель: в основе лежит мужское имя Агафон, пришедшее из греческого языка (Αγάθων, от agathos — «добрый, благой»). Стандартная русская фамилия от этого имени — Агафонов, где к корню Агафон добавляется суффикс -ов. Но здесь произошла ономастическая контаминация: исходную форму Агафонов в разговорной речи или при небрежной записи могли сократить до Агафонов, а затем по аналогии с другими фамилиями на -ов добавили еще одно -ов, получив двойное написание. Встречается также вариант Агафоов, где простое удвоение гласной — следствие небрежного произношения или ошибки писаря, который «на слух» передал растянутое произношение.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, где имя Агафон было распространено среди крестьян и купцов. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные случаи «накладки» суффиксов описываются как редкая, но документированная модель, характерная для позднего оформления фамилий в среде малограмотного населения, когда писарь «усиливал» фамильный формант, чтобы он точнее указывал на принадлежность. По сути, носитель фамилии Агафоова — потомок человека по имени Агафон, но с необычной «грамматической» историей, которая делает эту фамилию скорее исключением, чем правилом: она не столько указывает на род занятий или место, сколько хранит след конкретной ошибки или диалектной особенности произношения.