Фамилия Агакеримова — один из ярких примеров того, как русская фамилия строится не на славянской, а на тюркско-мусульманской почве. Её основа — составное мужское имя Агакерим, распространённое у народов, исповедующих ислам. Первая часть, «ага» (тур., азерб., крымскотат. ağa), означает «господин», «хозяин» или «старший брат» — уважительное обращение к мужчине, указывающее на старшинство или высокое положение. Вторая часть — имя Керим, которое восходит к арабскому كريم (Karīm) и переводится как «щедрый», «благородный», «великодушный»; в исламе это один из эпитетов Аллаха. Таким образом, Агакерим — это «господин Керим» или «старший Керим».

Фамилию образовали по стандартной русской модели: к тюркскому сложносоставному имени добавили патронимический суффикс -ов, который в женском роде даёт окончание -а. Буквально Агакеримова означает «дочь (или жена) Агакерима». Словообразовательная модель здесь необычна именно соединением русского суффикса с тюркским корнем — это характерно для фамилий народов Северного Кавказа, Поволжья и Закавказья, которые в XIX–XX веках массово получали русские фамилии через добавление -ов/-ев. Фамилия особенно типична для азербайджанцев, лезгин, табасаранцев и других народов Дагестана, встречается и у крымских татар.

Любопытная деталь, связанная с адаптацией в русской языковой среде: ударение в фамилии чаще всего падает на третий слог — Агакери́мова, хотя в исходном имени Кери́м ударение на последний слог. Это типичная акцентологическая перестройка при переходе в русскую фамильную систему.

Спорных версий происхождения у этой фамилии практически нет. Корень прозрачен, а приставка «ага» не даёт повода для альтернативных толкований. Можно лишь отметить, что в редких случаях «ага» могло быть не частью имени, а прозвищем отца («Ага»), а «Керим» — именем деда, но такая конструкция менее вероятна: в тюркской ономастике сложные имена с «ага» — устойчивая и древняя традиция, поэтому составное имя как единая основа — наиболее правдоподобное объяснение.