Фамилия Агакеримова — один из ярких примеров, как русская фамилия строится не на славянской почве, а на тюркско-мусульманской. Её основа — мужское имя Керим, распространённое у многих народов, исповедующих ислам. Имя Керим (араб. كريم) переводится как «щедрый», «благородный», «великодушный» — это один из эпитетов Аллаха в исламе.

Приставка «ага» (тур., азерб., крымскотат. ağa) имеет несколько значений: «господин», «хозяин», «старший брат» или уважительное обращение к мужчине. В составе сложных имён и фамилий она обычно указывает на старшинство или высокое положение. Таким образом, Агакерим — это «господин Керим» или «старший Керим». Фамилия образована от этого составного имени с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ов, который в женском роде даёт окончание -а. То есть Агакеримова буквально означает «дочь (или жена) Агакерима».

Словообразовательная модель здесь необычна: русский суффикс прикреплён к тюркскому сложносоставному имени. Это характерно для фамилий народов Северного Кавказа, Поволжья и Закавказья, которые в XIX–XX веках массово получали русские фамилии через добавление -ов/-ев. Фамилия Агакеримова особенно типична для азербайджанцев, лезгин, табасаранцев и других народов Дагестана. Встречается она и у крымских татар.

Любопытная деталь: ударение в фамилии чаще всего падает на третий слог — Агакери́мова, хотя в исходном имени Кери́м ударение на последний слог. Это типичная акцентологическая адаптация при переходе в русскую фамильную систему.

Спорных версий происхождения у этой фамилии практически нет. Корень прозрачен, а приставка «ага» не даёт повода для альтернативных толкований. Можно лишь отметить, что в редких случаях «ага» могло быть не частью имени, а прозвищем отца («Ага»), а «Керим» — именем деда, но такая конструкция менее вероятна: в тюркской ономастике сложные имена с «ага» — устойчивая традиция.