Фамилия Агамагланов — редкий случай, когда тюркская основа соединилась с русским суффиксом принадлежности. В её сердцевине лежит имя Агамаглан, которое состоит из двух частей: «ага» (господин, старший, почтенный человек) и «маглан» (неудачник, обманутый, несчастный или, в ином прочтении, тот, кто терпит лишения). Получается почти оксюморон: «почтенный несчастливец» или «господин, которого обманули». Такие имена-прозвища с внутренним противоречием давали намеренно — как оберег от злых духов: считалось, что если назвать ребёнка «неудачником», судьба обойдёт его стороной, а уважительная приставка «ага» добавляла доли благополучия.

Суффикс «-ов» превращает имя в фамилию по стандартной русской модели: «чей?» — Агамагланов, то есть потомок Агамаглана. Это типичный случай для народов Северного Кавказа и Закавказья, где при переходе на русское делопроизводство в XIX веке местные имена и прозвища записывали с патронимическими суффиксами. Встречается фамилия преимущественно у азербайджанцев и лезгин, а также у народов Дагестана — именно в этих языках слово «маглан» (или «махлан») имеет значение «обманутый», «обделённый».

Интересно, что вторая часть имени может восходить не к бытовому прозвищу, а к арабскому «маглюб» (побеждённый, перевёрнутый) или к тюркскому «маглан» как варианту имени Махлан. В таком случае фамилия теряет ироничный оттенок и становится просто сложносоставным личным именем с уважительным «ага». Однако словарь тюркских имён и практика народной ономастики склоняются к первой версии: имя-оберег здесь правдоподобнее.

Встречаются варианты написания Агамаглан-оглы (с тюркским указанием на сына), но в русской документации закрепилась именно форма на «-ов». По сословной принадлежности носители фамилии чаще всего были крестьянами или ремесленниками — фамилии на «-ов» из личных имён не указывают на дворянство, а скорее на позднюю паспортизацию, когда имя отца записали как родовое прозвание.