Фамилия Агамурадов — тюркская по происхождению. Её основа — составное личное имя Агамурад, где «ага» в тюркских языках означает «господин», «старший», «почтенный человек» (ср. турецкое ağa, узбекское ota — «отец» в почтительном смысле). Вторая часть — «мурад» — арабское слово со значением «желание», «цель», «намерение»; в мусульманском именослове это одно из популярных имён, восходящее к арабскому Мурад (желанный, вожделенный). Складывая части, получаем имя вроде «почтенный Мурад» или «старший, чья цель достойна уважения».

Суффикс -ов — русский патронимический формант. В XIX–XX веках его добавляли к тюркским именам при русификации документов: переписей, паспортов, воинского учёта. Фамилия Агамурадов буквально означает «потомок Агамурада». Модель образования типична для народов Средней Азии — туркмен, узбеков, каракалпаков. В самой Туркмении фамилия встречается часто, особенно среди туркменских племён теке (ахалтекинцы) и ёмудов.

Географически основная масса носителей сосредоточена в Туркменистане, Узбекистане (особенно Хорезмская область и Каракалпакстан), а также на юге Казахстана. В России фамилия редкая, появлялась у выходцев из Средней Азии, переехавших в советское время. Имя Агамурад — не аристократическое, а народное, поэтому предки носителя фамилии скорее всего были ремесленниками, скотоводами или мелкими торговцами, а не знатью.

В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилию записывали по-разному: Агамурадов, Ага-Мурадов, Агамурад-оглы (с тюркским окончанием). Советская паспортизация закрепила единый вариант. Любопытная деталь: в туркменском языке ударение в фамилии падает на последний слог — АгамурадОв, что отличает её от русских фамилий, где ударение часто ставят на «а» (АгАмурадов). Эта особенность — один из маркеров, по которому можно угадать происхождение носителя даже на слух.