Фамилия Агапушкина восходит к крестильному мужскому имени Агапий (Агапит), которое в переводе с греческого означает «любимый». В основу же фамилии легла его уменьшительная форма — Агапушка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Агапушка, со временем получил фамилию Агапушкина.