Фамилия Агапушкины образована от крестильного имени Агапий (церковная форма — Агапит), которое пришло на Русь из греческого языка и означает «любимый». В основе фамилии лежит уменьшительная форма этого имени — Агапушка. Так на Руси ласково называли мальчика или мужчину, носившего полное имя Агапий. Со временем отчество «Агапушкин сын» закрепилось за потомками и превратилось в фамилию.

Имя Агапий давали в честь нескольких святых, самый известный из которых на русской почве — преподобный Агапит Печерский, безмездный врач XI века. Он прославился тем, что лечил больных молитвой и травяными снадобьями, не беря платы, и помогал всем, кто обращался в Киево-Печерскую лавру. Именно этот святой был небесным покровителем для многих носителей имени Агапий на Руси.

Фамилия Агапушкины — редкая по способу образования. Суффикс -ушк- в основе указывает на народную, бытовую форму имени, а не на книжную, церковную. Такие «ласкательные» фамилии (сравните: Иванушкин, Петрушкин, Микушкин) встречаются реже, чем стандартные на -ов и -ин, и часто говорят о том, что предок был простого звания — крестьянином или посадским человеком, в чьей семтии имя Агапушка было обиходным.

Географически фамилия Агапушкины тяготеет к центральным и южным регионам России. По данным современных телефонных справочников и архивных записей, чаще всего она встречается в Пензенской, Тамбовской и Рязанской областях — то есть в зоне бывшего рязанского и тамбовского наместничеств, где в XVIII–XIX веках было много однодворцев и государственных крестьян. Именно в этих краях имя Агапий в уменьшительной форме Агапушка бытовало особенно широко.

Однокоренные фамилии — Агапов, Агапитов, Агапкин — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Агапушкины стоят особняком: суффикс -ушк- придаёт фамилии отчётливый оттенок уменьшительности и теплоты, что в официальной документации XVIII–XIX веков было редкостью. Обычно такие формы закреплялись в качестве фамилий, если прозвище Агапушка давали конкретному человеку в деревне, и оно прижилось как родовое имя.

Точное время возникновения фамилии назвать сложно. Массовое закрепление фамилий у крестьян центральной России происходило в основном после отмены крепостного права в 1861 году. Однако отдельные семьи Агапушкиных могли получить фамилию и раньше — в среде однодворцев, которые несли сторожевую службу на южных границах и имели фамилии уже в XVII–XVIII веках. Без конкретных генеалогических изысканий определить, к какому именно сословию принадлежали предки, невозможно.

Фамилия Агапушкины — памятник не столько книжной, сколько живой народной традиции имянаречения. Она сохранила ту форму имени, которую использовали в повседневном общении, а не в церковных святцах. И в этом её главная ценность для историка и для потомка.