Фамилия Агапин — типичный пример русской фамилии, образованной от крестильного имени. В её основе лежит церковное имя Агапий (в полной форме — Агапит), которое пришло из греческого языка и означает «любимый». Однако в повседневном быту имя часто сокращали до более простой и удобной народной формы — Агап. Именно от неё через стандартный суффикс -ин и возникла фамилия, отвечающая на вопрос «чей сын?» — сын Агапа.

Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному лицу, и такие фамилии в русской традиции обычно образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я. Форма Агап как раз подходит под это правило, что делает модель образования фамилии логичной и прозрачной.

Точное время и место возникновения фамилии Агапин установить сложно — процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий. Но можно с уверенностью сказать, что предки носителей этой фамилии, скорее всего, были простыми людьми, которых в документах или в быту называли по имени отца — Агап. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на дворянское или географическое происхождение, фамилии на -ин были распространены в крестьянской и мещанской среде центральной и северной России.

Интересно, что фамилия сохранила более редкую народную форму имени, а не полную церковную (Агапиев или Агапитов). Это говорит о том, что имя Агап было в ходу в живой речи, а не только в святцах. Однокоренные фамилии — Агапов, Агапитов, Агапьев — встречаются реже, что делает Агапиных отдельной ветвью в этом именном гнезде.