Фамилия Агапин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Агапин послужило церковное имя Агапий. Фамилия Агапин восходит к крестильному мужскому имени Агапий (Агапит), которое в переводе с греческого означает «любимый». В основу же фамилии легла его народная форма — Агап. О точном месте и времени возникновения фамилии Агапин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Агапин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.