Фамилия Агапин образована напрямую от народной формы крестильного имени — Агап. Полное церковное имя звучало как Агапий или Агапит, что в переводе с греческого означает «любимый» (от agapē — любовь). В древнерусском быту длинные имена часто сокращали: так Агапий превратился в простое и удобное Агап, которое и стало основой для фамилии.

В словообразовательном плане фамилия следует самой распространённой в России модели на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Агапин буквально значит «сын Агапа» или «из рода Агапа». Это типичный патроним, каких много в русском ономастиконе. Интересно, что полная форма имени — Агапит — тоже дала фамилии, но гораздо реже: Агапитов встречается в десятки раз меньше, чем Агапин. Это косвенно подтверждает, что народная форма Агап была в ходу повсеместно.

Имя Агапий (Агапит) носили несколько раннехристианских святых, поэтому оно было распространено на Руси среди всех сословий. Крестьянин, ремесленник или купец — любой мог получить при крещении имя Агапий, а в быту зваться Агапом. Соответственно, фамилию Агапин могли носить люди самого разного происхождения, и сословные границы здесь размыты.

Встречается фамилия в основном в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье. В старых документах, например, по Рязанской и Тамбовской губерниям, Агапины фиксируются уже в XVII–XVIII веках. Вариант написания с одной «п» — Агапин — закрепился как нормативный, хотя в редких случаях можно встретить написание Агаппин (от полной формы Агаппий), но это уже другая, более редкая ветвь.

Таким образом, Агапин — фамилия с прозрачной этимологией: от имени Агап (любимый) и суффикса принадлежности. Она не скрывает тёмных корней или спорных значений, а прямо говорит о предке, которого звали Агапом.