Фамилия Агапенко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной от личного имени. Суффикс -енко, один из самых распространённых в украинской ономастике, указывает на происхождение по отцу: буквально «сын Агапа». В XVI–XVII веках такие фамилии закрепились сначала в казацкой среде, а затем и среди крестьян Левобережной и Слободской Украины.

Основа фамилии — каноническое имя Агап (от греческого agapē — «любовь»). Имя было известно на Руси с принятием христианства, но в народной среде часто переделывалось в Агап, Агафон. В православных святцах почитается мученик Агап, что делало имя допустимым для крещения, хотя оно и не было столь популярным, как Иван или Пётр.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов/-ин, которые чаще встречаются в великорусских землях, Агапенко — типично украинская форма. В документах XVIII века, например, в реестрах Запорожской Сечи, можно встретить казаков с таким именем или прозвищем, от которого позже и пошла фамилия.

Встречаются варианты написания: Агапенко, Агапенков (под влиянием русской канцелярской традиции). Но исконная форма — именно с суффиксом -енко. Носители фамилии сегодня живут не только на Украине, но и в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке.