Фамилия Агапенко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной от личного имени. Суффикс -енко, один из самых распространённых в украинской ономастике, указывает на происхождение по отцу: буквально «сын Агапа». В XVI–XVII веках такие фамилии закрепились сначала в казацкой среде, а затем и среди крестьян Левобережной и Слободской Украины. Однако суффикс -енко несёт не только семейную связь, но и социальный оттенок: в отличие от русских фамилий на -ов, которые часто носили служилые люди, украинские «-енко» долго оставались полуофициальными, фамилиями по отцу, которые могли меняться в каждом поколении, пока не застыли в XVIII–XIX веках.

Основа фамилии — каноническое имя Агап (от греческого agapē — «любовь»). Имя было известно на Руси с принятием христианства, но в народной среде часто переделывалось в Агап, Агафон. В православных святцах почитается мученик Агап, что делало имя допустимым для крещения, хотя оно и не было столь популярным, как Иван или Пётр. Редкость имени придаёт фамилии дополнительную ценность: она не «стерлась» от массовости, как тот же Иванов, и позволяет точнее проследить родословную. В церковных записях XVIII века имя Агап встречается в основном в южнорусских и украинских губерниях, что совпадает с географией фамилии.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов/-ин, которые чаще встречаются в великорусских землях, Агапенко — типично украинская форма. В документах XVIII века, например, в реестрах Запорожской Сечи, можно встретить казаков с таким именем или прозвищем, от которого позже и пошла фамилия. При этом важно различать: имя Агап могло быть как крестильным, так и прозвищным — в казацкой среде нередко давали «мирские» имена, созвучные церковным, но с иным смыслом.

Встречаются варианты написания: Агапенко, Агапенков (под влиянием русской канцелярской традиции). Но исконная форма — именно с суффиксом -енко. Вариант Агапенков — это калька, возникшая при переписи украинского населения в великорусских губерниях, где чиновники «переводили» фамилию на привычный лад. Носители фамилии сегодня живут не только на Украине, но и в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке, особенно на Кубань и в Ставрополье — там фамилия встречается до сих пор, нередко уже в обрусевшей форме.