Фамилия Агапий — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не профессия, а полное каноническое имя, причём в своей исходной, не усечённой форме. Большинство русских фамилий на -ий образованы от прилагательных (Толстой, Блаженный) или от имён через суффиксы, но здесь мы видим имя Агапий, которое само стало фамилией без каких-либо изменений. Это так называемая «застывшая» форма имени, что говорит о позднем или книжном происхождении: скорее всего, фамилию получил человек, которого в документах записали полным церковным именем, и оно закрепилось за его потомками.

Имя Агапий — греческого происхождения, от «агапе» (любовь), и означает «любимый», «возлюбленный». В святцах оно встречается, но не часто, поэтому и фамилия редкая. Её носителями могли быть выходцы из духовного сословия: семинаристы и священники нередко получали фамилии по именам святых, причём в нетронутом виде, без крестьянских суффиксов -ов или -ин. Впрочем, не исключён и другой путь: в южнорусских и украинских землях, где под влиянием польской традиции фамилии на -ий были распространены шире, Агапий мог возникнуть из прозвища или даже из отчества, записанного в польской манере (Агапий вместо Агапович).

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. В ней нет привычных формантов, указывающих на сословие или регион, что делает её практически неразложимой. Единственное, что можно сказать наверняка: она образована от имени, а не от географического названия или ремесла. Если сравнивать с однокоренными, то гораздо чаще встречаются Агапов или Агапин — они как раз образованы через патронимические суффиксы. Агапий же — архаичная форма, сохранившаяся, возможно, благодаря записи в метрических книгах без адаптации.

Встречаемость фамилии крайне низкая, даже по меркам редких русских фамилий. В современных справочниках она почти не фигурирует, и это дополнительное указание на её вероятное происхождение из узкой среды — скорее всего, из одной семьи или одного прихода, где имя Агапий передавалось как родовое. Такая фамилия — почти всегда маркер конкретной семейной истории, а не массового явления: её носители, вероятно, ведут род от одного человека, записанного полным именем в церковной книге. Поэтому, если вы встретили Агапия, скорее всего, перед вами потомок либо священника, получившего фамилию по имени святого, либо крестьянина из южных губерний, где польская традиция позволяла оставлять отчество без суффикса.