Фамилия Агапушкин восходит к крестильному мужскому имени Агапий (Агапит), которое в переводе с греческого языка означает «любимый». В основу же фамилии легла его уменьшительная форма — Агапушка. Одним из святых покровителей этого имени считается преподобный Агапит Печерский, который помогал многим больным, которые обращались в Киево-Печерскую лавру. Таким образом, потомок человека, которого звали Агапушка, со временем получил фамилию Агапушкин.