Фамилия Агайдаров — одна из тех, где основа спорит с суффиксом, и это сразу даёт ключ к её происхождению. Суффикс -ов указывает на русскую модель образования: «чей?» — Агайдаров, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Агайдар. Но само слово Агайдар в русском языке не встречается, значит, корни надо искать в тюркских языках, откуда такие основы часто переходили в фамилии народов Поволжья, Урала и Сибири.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское имя Агайдар. Оно составное: первая часть «ага» — старший, господин, почтенный человек (ср. ага в значении «старший брат» или «господин» у многих тюркских народов). Вторая часть «йдар» или «дар» — от персидского «дар» (دار) — имеющий, владеющий. Целиком имя можно перевести как «обладающий достоинством» или «имеющий старшинство». Встречается оно у башкир, татар, казахов, хотя как личное имя Агайдар сегодня редкое, чаще сохранилось в фамилиях.

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища, образованного от тюркского «айдар» — чуб, хохол или особый вид казачьей причёски (оселедец). В таком случае «ага-айдар» могло означать «большой чуб» или «почтенный обладатель чуба», что уже напоминает прозвище по внешнему признаку. Но эта гипотеза слабее, потому что составные антропонимы с «ага» обычно передают социальный статус, а не внешность.

С точки зрения географии, фамилия Агайдаров наиболее плотно представлена в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях — в зоне смешения тюркских и русских фамильных моделей. Носители, скорее всего, происходят из башкирских или татарских родов, которые получили фамилию по отцу при переходе на русскую систему именования в XIX веке. Социально предки могли быть и крестьянами, и воинами — имя «ага» часто давали людям уважаемым, но не обязательно знатным. Точных данных о сословной принадлежности по одной фамилии нет, но модель образования типична для поздних русских фамилий тюркского происхождения.