Фамилия Агайдаров — образец того, как русский суффикс встречается с тюркской основой, и на этом стыке и кроется её история. Суффикс -ов работает по стандартной русской модели: «чей?» — Агайдаров, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Агайдар. Но самого слова Агайдар в русском языке нет, поэтому за объяснением идём в тюркские языки, откуда такие основы попадали в фамилии народов Поволжья, Урала и Сибири.

Самая убедительная версия — тюркское составное имя Агайдар. Первая часть «ага» у многих тюркских народов означает старшего, господина, почтенного человека (сравните «ага» как «старший брат» или обращение к уважаемому лицу). Вторая часть — «йдар» или «дар» — восходит к персидскому «дар» (دار) со значением «имеющий, владеющий». Целиком имя переводится как «обладающий достоинством» или «имеющий старшинство». Такое личное имя встречается у башкир, татар, казахов, хотя сегодня Агайдар как имя редкое — оно сохранилось в основном в фамилиях.

Есть и другая версия, но она слабее. Можно предположить, что основа связана с тюркским «айдар» — чуб, хохол или казачий оселедец. Тогда «ага-айдар» могло бы означать «большой чуб» или «почтенный обладатель чуба», то есть прозвище по внешнему признаку. Однако составные антропонимы с «ага» почти всегда указывают на социальный статус, а не на внешность, поэтому эта гипотеза проигрывает первой.

География фамилии подсказывает, где искать корни. Агайдаровы наиболее плотно представлены в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях — в зоне, где тюркские и русские фамильные модели смешивались веками. Носители, скорее всего, происходят из башкирских или татарских родов, которые получили фамилию по отцу при переходе на русскую систему именования в XIX веке. Кем были предки по сословию — сказать трудно: имя «ага» давали людям уважаемым, но не обязательно знатным, поэтому среди них могли быть и крестьяне, и воины. Модель образования типична для поздних русских фамилий тюркского происхождения, и точных данных о социальном статусе по одной фамилии нет.