Фамилия Алайдарова — женская форма, образованная от мужской Алайдаров, и её происхождение напрямую связано с тюркской основой. Корень «Алай-» не русский, а тюркский, и география бытования фамилии — Поволжье, Урал и Западная Сибирь, где традиционно живут татары, башкиры и другие тюркоязычные народы.

В основе лежит мужское личное имя Алай. Оно может восходить к тюркскому «ала» — пёстрый, разноцветный, а также к старотюркскому «алай» — войско, полчище. Имя Алай могло означать «пёстрый» (прозвище по внешности) или «воинственный», «относящийся к войску». Вторая версия — что это вариант арабского имени Али (высокий, возвышенный) с местным фонетическим изменением — спорна, так как «Алай» самостоятельная и распространённая в прошлом имяформа.

Суффикс «-ар» в составе Алайдаров — тюркский аффикс, который в других случаях указывает на профессию (например, «алайчы» — воин), но здесь, скорее всего, «Алайдар» сложившаяся форма имени или прозвища, где «-ар» — усилительный или именной суффикс. Затем к основе «Алайдар» добавился русский патронимический суффикс «-ов» — типичная модель для тюркских фамилий, попавших в русскую документацию. Алайдаров буквально означает «потомок (сын) Алайдара».

Сословно предки носителей фамилии, вероятно, относились к служилым татарам, башкирам или государственным крестьянам. В XVI–XIX веках многие тюркские роды получали фамилии при переписях и рекрутских наборах, и Алайдаровы могли быть как рядовыми общинниками, так и представителями мелкой мусульманской знати, если имя Алайдар передавалось в роду несколько поколений. Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Ударение — на второй слог: Алайда́рова.