Фамилия Алайдаров — редкая, и её разбор стоит начать с модели образования: суффикс -ов указывает на русскую патронимическую форму, то есть «сын Алайдара». Основа Алайдар, скорее всего, восходит к тюркскому или арабо-тюркскому составному имени. Первая часть, «Алай», может быть искажением от «Ала» — в тюркских языках это «пёстрый», «рябой», «пегий», а также «божественный» (в арабском — «высокий», «возвышенный»). Вторая часть, «дар», из персидского и тюркского — «имеющий», «обладающий» (как в именах Тимурдар, Бахтиар). Таким образом, Алайдар могло означать «обладающий пёстрой (или божественной) меткой» или «имеющий возвышенный дар». Встречается и версия, что имя восходит к арабскому «Ала ад-Дин» («величие веры») через тюркское сокращение, хотя это менее вероятно из-за сохранения «дар» в исходной форме.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где пересекались русские и тюркские народы: Поволжье, Урал, Западная Сибирь, а также к Северному Кавказу. В среде татар, башкир, казахов имя Алайдар (варианты — Алайдар, Алайдарбек) встречалось как личное, и при переходе в русскую среду через крещение или метрические записи оно обрастало суффиксом -ов. Предки носителя фамилии могли быть либо крещёными татарами (так называемые «новокрещены»), либо служилыми людьми из тюркской знати, которые в XVI–XVII веках переходили на русскую службу и получали поместья.

Словообразовательный суффикс -ов — самый массовый в русских фамилиях, но здесь он прикреплён к нетипичной основе, что делает фамилию Алайдаров маркером межэтнического контакта. Если сравнивать с однокоренными — Алаев, Алайбеков, Алайдаров стоит особняком: в нём нет редукции гласных (не «Алайдыров»), а значит, в документах форма закрепилась поздно, уже после того, как имя перестало быть живым прозвищем и стало фамильным. В дореволюционных списках и переписях фамилия почти не встречается, что указывает на её локальное бытование либо на позднее оформление — в XIX веке, когда крестьянам и мещанам массово присваивали фамилии по отцу.

Споров о происхождении немного: тюркская версия надёжнее, чем гипотетическая связь с «Алай» как названием знамени (от тюркского «алай» — «полк», «войско»), так как в именах эта основа встречается редко. В любом случае, Алайдаров — фамилия, которая прямо говорит о предке-носителе редкого имени, вероятно, уважаемом в своей общине.